Территория Японии традиционно разделена на сорок семь префектур. Префектуры делятся на четыре категории: "то" (Токио), "до" (Хоккайдо), "фу" (Киото, Осака) и "кэн" (сорок три остальные префектуры). Различия между категориями префектур состоят в основном в форме управления.

Низшие территориальные единицы страны образуют сельские общины ("мура"), поселки ("мати") и города ("си"). Столица Японии - город Токио - в административном отношении представляет собой двадцать три самостоятельных специальных района ("токубэцу ку"), приравниваемых по статусу к городам "си".

Крупнейшие по численности населения города Японии (от одного до десяти миллионов жителей) - Токио, Осака, Иокогама, Киото, Нагоя, Кобе, Хиросима, Фукуока.