Примерно 60% площади Японии покрыто лесами. Флора Японии отличается большим видовым разнообразием и включает 2750 видов, в том числе 168 древесных пород. На Японских о-вах встречаются растения, характерные для тропической, субтропической и умеренной зон.

На о-вах Рюкю (Нансей) распространены влажные тропические леса, в которых растут пальмы (аренга, ливистона, сахарная, саговая, катеху), древовидный папоротник циатея, саговник, многоплодник (подокарпус), банан, фикус и др., в горах – вечнозеленые дубы и такие тропические хвойные, как сосна акамацу, пихта мами, тсуга. Многочисленны лианы и эпифиты, главным образом папоротники. На о.Яку сохранились естественные леса из японской криптомерии, отдельным деревьям которой, достигающим 40–50 м в высоту и 5 м в диаметре, уже ок. 2000 лет.

В южных районах о.Кюсю на морском побережье местами сохранились тропические леса, а вечнозеленые субтропические леса на этом острове поднимаются примерно до 1000 м. Кроме того, субтропические леса распространены на о.Сикоку и на юге о.Хонсю. В них доминируют вечнозеленые дубы и эндемичные виды сосен, кипарисов, криптомерии, многоплодники, туи. В подлеске растут гардении, азалии, аралии, магнолии. В прошлом на юге Японии имели широкое распространение лавровые леса, в которых доминировали камфорный лавр, камелия японская и чайный куст. В настоящее время лавровые леса произрастают на о.Хонсю. Среди древесных пород в них преобладают камфорный лавр, кастанопсис длиннозаостренный, вечнозеленые дубы (острый, сизый и др.), бадьян (иллициум) анисовый, камелия, различные виды симплокоса. В субтропической зоне местами сохранились рощи гингко и бамбука.

К северу от Японских Альп на о.Хонсю и в южной половине о.Хоккайдо простираются широколиственные листопадные леса, в которых доминируют бук японский и городчатый, дуб зубчатый и крупнопильчатый, обычны каштан городчатый, или японский, много видов клена, ясеня и липы, вязы, береза, граб японский, хмелеграб японский, дзельква остролистная, или японская, многоплодник сумахолистный. Несколько выше на горных склонах растут хвойно-широколиственные леса, в которых из хвойных присутствуют криптомерия (высотой до 45 м), кипарисовик, тсуга Зиболда, разнолистная и Бларингемса, лжетсуга японская, тис остроконечный, или японский, и другие породы. Выше 500 м над у.м. на о.Хоккайдо эти леса сменяются елово-пихтовыми горнотаежными с бамбуком в нижнем ярусе. Некоторые горы на о.Хонсю, в том числе Фудзияма, и центральный горный массив на о.Хоккайдо вздымаются выше верхней границы леса. Там распространены заросли рододендрона, кедровый стланик, верещатники, субальпийские и альпийские луга.

Естественная растительность Японии сильно пострадала от деятельности человека. Леса, особенно на равнинах, вытеснены сельскохозяйственными угодьями.

Японию зачастую представляют, как настоящего вандала окружающей среды, говоря о том, что она вырезает китов и дельфинов, вырубывает тропические леса и загрязняет океан и атмосферу, и все это только во имя повышения курса иены на мировом рынке. Все это не более, чем мифы или выдумки других стран-конкурентов. Рыбная ловля разрешена, но только дрейфующей рыбы, за китами продолжают охотиться, но лишь для научного исследования в природной среде обитания, потребление природных ресурсов строго контролируется, несмотря на огромный спрос на древесину тропического леса, главным образом из Малайзии. Все это стало результатом решительных действий правительства, начиная с середины 70-х, когда окружающей среде Японии стало угрожать фантастическое развитие экономики.

Индустриальное воздушное и водное загрязнение было обуздано, хотя фотохимический смог остается проблемой в Токио и других городских центрах. Япония, как огромный морской конь, плавает у восточной границы Азиатского континента. Около 10,000 лет назад, во время последнего таяния льдов, уровень воды в океане повысился на столько, что затопил мост, соединяющий Японию с материком.

Сегодня Япония состоит из цепи островов (четыре крупных и приблизительно 3900 маленьких), протяженностью 3000 км, по островам проходит дуга гор, самая высокая вершина которых - гора Фужи (3776 м). Многие из этих гор вулканические, что подвергает постоянному риску эти благословенные острова с потрясающими горячими веснами и захватывающими пейзажами, постоянно угрожая землетрясениями и цунами. Япония - сомнительный лидер среди других стран мира в категории сейсмологической активности, так как является одной из наиболее сейсмилогически-активных областей нашего мира. Подсчитано, что в Японии происходит около 1000 землетрясений в год, большинство из которых слишком слабы, чтобы их можно было заметить без сложного сейсмического оборудования.

Япония растянулась по широте от субтропиков на юге до суб-арктического климата на севере, что сделало ее идеальным местом для развития широкого разнообразия флоры и фауны. Многое из того, что Вы можете увидеть в современной Японии сегодня, не существовало там с самого начала. Это не только из-за опрометчивого рывка Японии в современность (вырубки лесов, загрязнение атмосферы и кислотных дождей), но также и из-за относительно недавнего крупномасштабного импорта растений из Европы и США. К счастью, явная недоступность большинства областей из громадной топографии Японии, сохранила большие регионы естественной красоты природы